Mielőtt gróf Grassalkovich Antal a máriabesnyői szent helyet megalapította, csak romok hirdették, hogy itt valaha virágzó község állott. A templom a község régi temploma helyén épült, és éppen a romok eltakarítása közben csodálatos körülmények között akadtak rá arra a Mária-szobrocskára, mely Besnyőt kegyhellyé avatta. A kápolna felépülte után régebbi szándékának megvalósítására a gróf stájerországi kapucinus atyákkal 1759-ben az olaszországi Loretóból egy Szűz Mária-szobrot hozatott. A libanoni cédrusfából készült egy méter magas kegyszobor ma is látható a főoltár mögött. A megtalált Mária-szobor igen nagy számú zarándokot vonzott, ezért Grassalkovich Antal szükségesnek látta a kápolna kibővítését, így a kápolnához 1768 és 1771 között egy alsó és egy felső templomot is építettek Mayerhoffer János tervei alapján. Felszentelésükre 1771. március 17-én került sor. 

A kapucinus testvérek 2022. augusztus 1-én tértek vissza Máriabesnyőre. Jelenleg ők látják el a lelkipásztori szolgálatot is. A Kulturális Örökség Napjai és a Nyitott Templomok Éjszakája rendezvénysorozat keretében a látogatók most bepillantást nyerhetnek a kolostor egyébként elzárt belső tereibe is.