Budapest, egyben Magyarország elsőként létesült japánkertje közel 100 éves. Varga Márton – intézményünk alapítója – tervezte és építette 1928–ban. A Zuglóban található kert a KMASZC Varga Márton Kertészeti és Földmérési Technikum és Kollégium botanikus tankertje, elsősorban ázsiai növényritkaságokkal büszkélkedhet. A japánkert részei a torii kapu, a lépőkövek, kőlámpások, a kis tó felett átívelő hidacskák, a Daru és a Teknős szigetecskék és a japán teaház pavilon. A Sóhajok (Kívánságok) hídján átmenve lehet kívánni valamit, ami a legenda szerint teljesül.
A japán császári család tagjai, Takamacu herceg és felesége, Kikukó hercegné 1931-ben Magyarországon jártak, és látogatásuk emlékére Magyarország ajándéknövényeket kapott Japánból. Ezek leszármazottai közül még ma is látható néhány díszcseresznye a kertben.
A Varga Márton Múzeumban a Japánkerti sétát követően félóránként kezdődik tárlatvezetés.